Funcionan como intermediarios entre las empresas nacionales y extranjeras con el Estado, y a pesar que han recibido críticas, la importancia que tienen es cada vez más reconocida.
El rol que cumplen es triple: funcionario público, ministro de fe y mandatario. Es una mezcla entre lo público y lo privado.
Es decir, cumplen funciones públicas y también representan a los dueños de mercancías con destinaciones aduaneras, por lo que tienen una labor de intermediarios con el Servicio Nacional de Aduanas; permiten al Estado cumplir su función pública y garantizan a los particulares un trato justo.
Los agentes de aduanas también se encargan de generar la estadística de los tráficos y los documentos de respaldo de las destinaciones aduaneras.